El organigrama actual fue aprobado por Acuerdo Nro. 015 de 2011 el cual evidencia las siguientes áreas:
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Dirección: Conformada por la Junta Directiva y el Gerente; tiene a su cargo mantener la unidad de objetivos e intereses de la organización en torno a la Misión y Objetivos institucionales; identificar las necesidades esenciales y las expectativas de los usuarios, determinar los mercados a atender, definir la estrategia del Servicio, asignar recursos, adoptar y adaptar normas de eficiencia y calidad controlando su aplicación en la gestión institucional, sin perjuicio de las demás funciones de dirección que exija el normal desenvolvimiento de la Entidad.
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Atención al Usuario: Es el conjunto de unidades orgánico-funcionales encargadas de todo el proceso de producción y prestación de Servicios de Salud con sus respectivos procedimientos y actividades, incluyendo la atención administrativa demandada por el usuario. Comprende la definición de políticas institucionales de atención, el tipo de recursos necesarios para el efecto, las formas y características de la atención, y la dirección y prestación del servicio. La coordinación de esta área está a cargo de la Subdirección Científica, en las áreas establecidas dentro del Organigrama.
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Apoyo Logístico: Comprende las Unidades Funcionales encargadas de ejecutar, en coordinación con las demás áreas, los procesos de planeación, adquisición, manejo, utilización, optimización y control de los recursos Humanos, Financieros, Físicos y de Información necesarios para alcanzar y desarrollar los objetivos de la Organización y, realizar el mantenimiento de la planta física y su dotación. La coordinación de esta área está a cargo de la Subdirección Administrativa y la Subdirección Financiera, en las áreas establecidas dentro del Organigrama.
Con la Estructura actual se desarrollan las actividades ofrecidas dentro del portafolio de servicios y se da cumplimiento con los contratos suscritos con los diferentes aseguradores.