El día 4 de mes de noviembre, por Acuerdo del Cabildo de Marinilla se realizó la apertura del Hospital San Juan de Dios siendo presidente don Arturo M. Pineda y secretario don Rafael Ricaurte. Monseñor Valerio Antonio Jiménez donó 549 pesos en noviembre de 1868 y 800 pesos en enero de 1869,  al igual, Cosme de Hoyos dona 100 pesos, don José Tamayo 20 pesos y don Justiniano Montoya y familiares parte de su casa.

Se trasladó el Hospital del primer local junto al parque. El doctor Justiniano Montoya graduado en Medicina en Bogotá y especializado en Cirugía en París, ofreció y prestó sus servicios profesionales gratuitamente al Hospital en su inicio.

Monseñor Valerio Antonio Jiménez, en casa de su propiedad, en el centro del poblado, dio asilo a los enfermos del hospital y ofreció vender un local para dicha institución en un lugar alto, a la salida hacia el Municipio de Rionegro (Escuela Sabina Muñoz).

Se le provee de fuente de agua potable por Acuerdo del 31 de diciembre de 1894.

El Concejo Municipal ordenó la inspección del hospital por la Sociedad Sagrado Corazón de Jesús.

Posteriormente, se cerró el hospital a petición de la Sociedad San Vicente de Paúl por algunos años.

El 3 de octubre de 1905 el Concejo Municipal por Resolución accedió a darle la administración a dicha sociedad, la dirección del hospital estuvo durante varios años a cargo de los doctores Salazar R. y Josefa Henao.

Durante el curato del señor Presbítero Agustín Gómez se realizó una renovación casi una refundación del Hospital. El padre Agustín resolvió tomarlo bajo su protección y cuidado realizando mejoras materiales de importancia, lo dotó de lo indispensable y encargo de su dirección a las Reverendas Hermanas Siervas del Santísimo y atendió cómodamente de 25 a 30 enfermos.

Durante el curato del señor Presbítero Francisco Hernández, presidente de la Junta del hospital y la Sindicatura del señor Jesús Duque, se realizó la venta de un lote contiguo al Hospital, hoy barrio San Juan de Dios, en dicho lote funciona la Escuela Sabina Muñoz (Escuela  Roja) y las negociaciones de traslado del Hospital.

Se traslada frente a la Normal Departamental donde se unió a Consulta Externa, la cual funcionaba aisladamente en el centro de la población, hasta ser construida la sede actual en el barrio Las Margaritas.

El actual hospital se empezó a construir y se concluyó en 1976 en terrenos que compró el Municipio a los sucesores del doctor Teófilo Gómez.

Se iniciaron los trabajos de cambio de redes de acueducto y alcantarillado é iniciando con un proyecto macro de ampliación, con el apoyo de la administración del doctor Francisco Luis Cuervo y siendo director del hospital el doctor Leopoldo Abdiel Giraldo Velásquez se sentaron las bases y se asignaron los primeros dineros por parte del municipio, el departamento y el hospital.

Con la administración del doctor Carlos Emilio Jiménez Gómez, se le dio empuje colocándolo como una de las metas en el Plan de Gobierno asignándole recursos sin dejar de buscar cofinanciación en el departamento y la nación. La Asociación de Juntas comunales realizó un gran esfuerzo con su disponibilidad para la utilización de los terrenos que eran de su propiedad a un muy bajo precio.

Del 4 de septiembre se transformó en Empresa Social del Estado por Acuerdo Municipal 052, adecuándose así a la normatividad vigente siendo una entidad descentralizada del orden municipal.

Los cambios más importantes de infraestructura física comenzaron en este año, en donde se entregó a la comunidad en el mes de septiembre el Pabellón de Urgencias y en diciembre de 1997 el área quirúrgica. El honorable Concejo Municipal ha sido participe con su apoyo a este proyecto durante estas administraciones.

Se realizaron los diseños de un proyecto de desarrollo de la Infraestructura física  a corto y largo plazo, esta proyección consta de un edificio nuevo de tres plantas y el rediseño estructural de la construcción actual: dichos diseños fueron realizados por los arquitectos Álvaro Hernán Maya Cuartas y Gloria Ceballos Restrepo quienes realizaron el trabajo pensando en el fortalecimiento de la Institución para la población Marinilla.

La primera etapa de este proyecto se inició con el apoyo del doctor José Luis Duque Pineda, Alcalde del Municipio, y la gestión del doctor Leopoldo Abdiel Giraldo Velásquez y de todos los empleados de la E.S.E. Ejecutada en su totalidad e inaugurada el 18 de febrero del año 2000.

Se iniciaron las obras para la ejecución inicial de la planta de segundo piso, la cual está conformada por áreas administrativas. En el año 2003 se realizó la segunda etapa del segundo piso en la que funcionan  los consultorios para especialidades, odontología, y áreas para aseguradoras. Igualmente se adecuó el área hospitalaria.

Se adecuaron algunas áreas de la construcción más antigua (desechos, parqueadero para vehículo hospitalario, archivo pasivo, almacén, etc.)

Construcción de la capilla del hospital con recursos propios de la entidad, para el apoyo espiritual de la comunidad hospitalaria.

Adquisición de la Unidad Prioritaria de Atención (UPA) para mejorar la cobertura en la prestación de servicios de salud a nivel extramural.

Se adquirió con cofinanciación realizada por el Ministerio de Salud y Protección Social  la Ambulancia (TAB) Transporte Básico Asistencial.

En el mes de febrero se inaugura la ampliación y adecuación de los servicios de urgencias, ayudas diagnósticas, consulta odontológica y servicio farmacéutico (farmacia), mantenimiento de edificio y pintura. También una adquisición de equipos biomédicos y de apoyo a la gestión en salud. El 15 de julio el doctor Juan Jaime Gallego Henao, llegó a la gerencia del hospital.